Die Ursprünge der Sovereign Klasse gehen zurück auf das Jahr 2338. In dieser Zeit war das Verhältnis zwischen der Föderation und dem Klingonischen Imperium bis auf den Punkt geschwächt, an dem Krieg für viele denkbar schien. Der Präsident befahl der Sternenflotte ein neues Schiffsdesign vorzuschlagen, das über ein viel größeres militärisches Potential verfügen sollte als alle aktuellen Schiffsklassen. Als die vorhandenen Spannungen kurz darauf wieder geglättet wurden, sollte das Kriegsschiffprojekt schon begraben werden, doch die Sternenflotte bat stattdessen um die Erlaubnis, das Projekt auf Forschungsebene fortzuführen. Unter dem Namen "Sovereignprojekt" wurde es ein theoretischer Kampfkreuzer, ausschließlich als Computermodell generiert.

Die Intention war es, ein Design zu erstellen, dass ohne Verzögerung in Produktion genommen werden konnte, sollte eine Krise in der Zukunft es nötig machen. Dabei wurde das Basisdesign alle fünf Jahre erneuert, so dass alle technologischen Fortschritte integriert werden konnten.

Im Jahre 2365 wurde der erste Kontakt zu den Borg hergestellt, was den Anstoß gab, das Sovereignprojekt zu aktivieren und den Bau der ersten vier Schiffe einzuleiten. Da jedoch ein Großteil der Bewaffnung auf der Technik der Galaxyklasse basierte, die sich jedoch als ineffektiv im Kampf gegen die Borg erwiesen hatte, sollten neue Waffen konstruiert werden, die aber nicht in näherer Zukunft bereitgestelltwerden konnten.

Die Reaktion der Sternenflotte darauf war es, die Konstruktion von Hülle, Antriebs-, Computer- und Sensorsysteme der schon im Bau befindlichen Schiffe fortzusetzen. Die Arbeit an Schild-, Phaser und Photonentorpedosysteme dagegen wurde bis zum Jahr 2370 eingestellt. Statt der Fertigstellung der Sovereignklasse wurde nun in einer Blitzentwicklung begonnen, ein Kriegsschiff zu formen, dass klein und sehr leicht zu produzieren war: die Defiantklasse. Eine wichtige sekundäre Rolle war es dabei, eine Testplattform für die Technologie zu bieten, die in das Sovereignprojekt eingearbeitete werden sollte. Der Wechsel von Photonen zu Quantentorpedos und der Einschluss der aplativen Armierung sind die besten Beispiele für diesen Prozess. Zusätzlich wurden auch noch die bioneuralen Computersysteme aufgenommen, die als erstes in der Intrepidklasse zum Einsatz gekommen waren.